Việc sử dụng hộp polycarbonate cho mục đích lưu trữ thực phẩm đang gây tranh cãi. Cơ sở của cuộc tranh cãi này là quá trình thủy phân của chúng (phân hủy bởi nước, thường được gọi là rửa trôi) xảy ra ở nhiệt độ cao, giải phóng bisphenol A:

1/n [OC(OC6H4)2CMe2]n + H2O → (HOC6H4)2CMe2 + CO2

Hơn 100 nghiên cứu đã khám phá hoạt tính sinh học của bisphenol A có nguồn gốc từ nhựa polycarbonate. Bisphenol A dường như được giải phóng từ lồng động vật bằng polycarbonate vào nước ở nhiệt độ phòng và nó có thể là nguyên nhân gây ra sự mở rộng cơ quan sinh sản của chuột cái.[25] Tuy nhiên, lồng động vật được sử dụng trong nghiên cứu được chế tạo từ polycarbonate cấp công nghiệp, thay vì polycarbonate cấp thực phẩm của FDA.

Một phân tích tài liệu về tác dụng liều thấp của bisphenol A trong nước của Saal và Hughes được công bố vào tháng 8 năm 2005 dường như đã tìm ra mối tương quan gợi ý giữa nguồn tài trợ và kết luận được rút ra. Các nghiên cứu do ngành tài trợ có xu hướng không tìm thấy tác động đáng kể trong khi các nghiên cứu do chính phủ tài trợ có xu hướng tìm thấy hiệu quả đáng kể.[26]

Chất tẩy natri hypoclorit và các chất tẩy rửa kiềm khác xúc tác sự giải phóng bisphenol A từ các thùng polycarbonate.[27][28] Biểu đồ tương thích hóa học cho thấy polycarbonate không tương thích với amoniac và axeton vì nó hòa tan khi có mặt chúng.[29] Cồn là một dung môi hữu cơ được khuyên dùng để làm sạch dầu mỡ từ polycarbonate.